天台宗的独立具有不可忽略的意义。最澄主张“一切皆成佛”、重视善萨道之实践，并同奈良的教团进行了激烈斗争。这场斗争使国家实际上失去了通过僧纲统制教团的权力，使佛教自身的权威得以树立，形成了新的镇护国家的佛教

而比叙山自此成为日本佛教教学的中心，在镰仓时代孕育出了法然、亲弯、道元、日莲等一代宗师的新佛教思想。在创建新佛教方面，日本真言宗的开山祖空海无疑是堪与最澄媲美的又一高僧。空海（774－835年）俗姓佐伯，幼名真鱼。赞岐国（今香川县）人。15岁学《论语》、《孝经》等，后随伯父阿刀大足赴京都，入大学学习明经科和中国古典文学。

虽然这一经历奠定了以后他学问、思想、文艺之基础，但是在读了《虚空藏求闻持法》后，他逐渐倾心于佛教，先信佛而作居士，后于延历十四年（795年）在奈良东大寺受具足戒，适入山林修行。延历十六年（797年），空海撰写了《三教指归》（《聋瞽指归》），书中描述了登场的龟毛先生、虚亡隐士、假名乞儿等人物，论述了儒、道、佛三道之优劣，阐明了他选择佛教的理由。这论著堪称他的出家宣言。

当时，畿内及其周边各地亦有一些山林修行者，他们实践着一种密教的修行法。空海受此刺激，决心在密教中探索出一条自己的道路以解决经典中的疑义。密教是在印度佛教末期的一个宗派，在教理上以大中观派和瑜伽行派的思想为其理论前提，在实践上以高度组织化了的咒术、礼仪、本尊信仰崇拜等为特征。宣传口诵真言咒语（“语密”）、手结契印（手势或身体姿势，“身密”）和心作观想（“意密”），三密相应可以即身成佛，并在修法之际建筑坛场（曼茶罗，意为“轮圆具足”），配置诸佛菩萨。

这种行法和华严经的哲学相结合而发展成为一个佛教宗派，以大日经、金刚顶经为经典。据称开祖是龙猛。密教以大日如来为法主，体现其法的是法身佛，其他佛、菩萨、明王等，皆是大日如来的分身或化身，各具特殊的个性和功能，而直观地表示诸佛、菩萨等地位和功能的，就是胎藏界（大日经）、金刚界（金刚顶经）的曼茶罗。

一切众生、自然界的一草一木，在宇宙的法世界都是平等、无差别、由大日抚育成长的，通过大日的“加持”、感应而归一于佛性。